В соответствии с двумя главнейшими типами микроорганизмов — аэробами и анаэробами различают и два основных типа разложения органических веществ: аэробный и анаэробный. Аэробный процесс разложения вызывается жизнедеятельностью грибной микрофлоры и аэробных бактерий, анаэробный процесс — жизнедеятельностью анаэробных бактерий.
Оба эти процесса протекают во всякой почве одновременно, но в зависимости от характера почвенных условий в одном случае будут преобладать аэробные процессы, в другом анаэробные.
В рыхлых, хорошо проветриваемых почвах всегда преобладает аэробный процесс.
Наоборот, в почвах уплотненных, тяжелых или заболоченных, с сплошным залеганием органического вещества неизбежно будут доминировать анаэробные процессы.
Во всякой почве в верхних ее частях, куда свободнее проникает воздух, имеют место главным образом аэробные процессы, в нижних же слоях с затрудненным газообменом — анаэробные. Больше того, в каждом отдельном, более или менее уплотненном комочке почвы могут одновременно протекать оба процесса: внутри комочка анаэробный, в поверхностных частях— аэробный.
Разложение органических веществ в зависимости от окружающих условий протекает неодинаково: в аэробных условиях оно идет быстро, в анаэробных — медленно.
Существенное различие этих двух типов разложения сказывается и на образующихся при этом конечных продуктах распада.
Так, при аэробном разложении всегда получаются продукты вполне окисленные, как, например, вода, угольная, азотная, фосфорная, серная и другие кислоты, которые, реагируя с основаниями, дают различные соли, идущие на питание растений; при анаэробном же процессе, протекающем в бескислородной среде, образуются различного рода неокисленные соединения, такие, например, как метан, фосфористый водород, сероводород, аммиак, закись железа и др., большинство из которых является ядовитым для корней культурных растений.
Кроме того, аэробный процесс сопровождается выделением большого количества тепловой энергии; анаэробный же протекает без заметного повышения температуры.
Благоприятные условия для культурных растений могут быть созданы в почве только при одновременном развитии и сочетании аэробного и анаэробного процессов.
Благоприятное сочетание обоих процессов возможно только в рыхлых, хорошо проветриваемых почвах.